La directive européenne sur la surveillance des sols, adoptée par l’Union européenne fin 2025, ambitionne de parvenir à des sols en bonne santé d’ici à 2050. Ces derniers se situent, en effet, au carrefour de multiples enjeux : climat, biodiversité, alimentation, etc. Oui, mais avec quels outils de mesure ? Le texte décidé à Bruxelles n’impose, pour l’heure, que l’approche fondée sur l’ADN environnemental. La France dispose pourtant d’une forte expérience de mesure de la qualité des sols, qui pourrait être avantageusement mise à profit : les meilleurs outils de suivi sont ceux qui intègrent de façon simultanée plusieurs approches complémentaires.
Depuis novembre 2025, la Directive européenne sur la surveillance et la résilience des sols impose aux États membres d’évaluer régulièrement la biodiversité des sols. Pour la partie biologique, la directive prévoit le suivi, tous les six ans, de la diversité microbienne des sols (bactéries et champignons) à partir de l’ADN environnemental (ADNe).
Or, si l’ADNe constitue un outil puissant pour détecter la biodiversité à grande échelle, il est insuffisant, à lui seul, pour interpréter les changements observés et en identifier les causes. En effet, les communautés bactériennes et fongiques ne représentent qu’une partie de la biodiversité des sols, qui inclut également de nombreux organismes aux rôles écologiques cruciaux et variés.
Le fonctionnement des sols repose également sur l’abondance, la biomasse et l’activité des organismes vivants, dimensions qui ne peuvent être évaluées par la seule détection moléculaire. Une approche graduée combinant plusieurs protocoles complémentaires est donc nécessaire pour produire des indicateurs robustes et utiles pour l’action publique.
L’expérience française, notamment à travers le réseau de mesure de la qualité des sols (RMQS) et le GIS Sol, constitue, à ce titre, un référentiel d’interprétation des résultats et un cadre opérationnel déjà éprouvé pour la surveillance de la biodiversité des sols. Celui-ci pourrait avantageusement compléter le socle prévu par la législation européenne.
L’ADN environnemental, nécessaire mais pas suffisant
L’ADNe est une approche moléculaire et, à ce titre, présente des avantages en matière de surveillance environnementale : détection large – et a priori standardisée – de la biodiversité, forte comparabilité spatiale et temporelle… De telles méthodes constituent un outil particulièrement efficace pour détecter des changements dans la composition des communautés biologiques.
Cependant, les signatures moléculaires issues de l’ADNe ne permettent pas toujours d’identifier correctement les taxons présents dans les sols. Elles peuvent présenter des biais de représentativité. Elles sont, de plus, souvent peu corrélées à d’autres caractéristiques biologiques essentielles pour caractériser la biodiversité et le fonctionnement des sols, telles que l’abondance des organismes, leur biomasse, leur structure démographique ou encore leurs activités. Elles offriront donc une vision incomplète – voire parfois déformée – de la santé des sols.
Or, au-delà de la simple détection de changements de diversité, les dispositifs de surveillance doivent également permettre d’interpréter ces évolutions, c’est-à-dire, comprendre ce qu’elles impliquent pour la fonctionnalité de sols, par exemple pour l’agriculture, et d’en identifier les causes. C’est cela qui permettra d’évaluer l’efficacité des politiques publiques et des pratiques de gestion. Dans ce contexte, réduire la complexité biologique et écologique des sols à cette unique composante comporte un risque lié à ses difficultés d’interprétation.
La directive prévoit toutefois que les États membres puissent compléter les indicateurs obligatoires par d’autres indicateurs biologiques dans leurs dispositifs nationaux de surveillance, ouvrant ainsi la possibilité d’approches plus intégrées.
Un outil d’aide à la décision publique
La surveillance de l’environnement poursuit deux objectifs distincts et complémentaires : détecter des changements de l’état des écosystèmes et attribuer ces changements à des pressions environnementales, des usages des sols ou des pratiques de gestion. Ces deux dimensions sont étroitement liées par les processus biologiques et écologiques qui structurent le fonctionnement des écosystèmes.
Au-delà de leur portée scientifique, les indicateurs utilisés pour le suivi de la biodiversité des sols constituent un outil d’aide à la décision publique. Il ne s’agit pas seulement d’identifier les dynamiques des communautés biologiques, mais aussi d’en comprendre les causes. Cela concerne donc aussi, et d’abord, les décideurs publics. Il s’agit d’orienter les pratiques d’aménagement et de gestion durable, d’identifier les situations de dégradation, de mener des politiques pour remédier et de pouvoir en évaluer l’efficacité.
Un dispositif de surveillance qui se limiterait à la détection de changements de la biodiversité des sols sans permettre leur interprétation et leur attribution aux pressions environnementales offrirait une base limitée pour l’évaluation des politiques publiques et la mise en œuvre de stratégies de gestion adaptées.
La biodiversité ne se résume pas au seul nombre de taxons
Les fonctions écologiques du sol – telles que la régulation de l’eau et des contaminants, la fourniture des nutriments, le stockage de carbone, l’entretien de la structure ou le support de la biodiversité elle-même – ne sont pas des états statiques, mais des processus dynamiques. Elles reposent sur l’activité des organismes vivants, leur biomasse et leurs caractéristiques fonctionnelles (physiologie, comportement) ainsi que leurs interactions (compétition, symbiose, parasitisme). Elles s’expriment par des flux et des vitesses de renouvellement plutôt que par de simples stocks.
Dans ce cadre, les approches moléculaires fournissent une information précieuse sur la présence d’organismes, mais ne permettent pas, à elles seules, d’évaluer ces processus dynamiques ni leur intensité. Une interprétation correcte du fonctionnement des sols nécessite donc des mesures complémentaires ainsi que des référentiels d’interprétation permettant de relier les indicateurs biologiques aux différents contextes d’usage des sols et aux conditions environnementales.
Les données ADNe sont de plus en plus utilisées pour développer de nouvelles approches, par exemple celles fondées sur les réseaux d’interactions, qui permettent de représenter l’organisation des communautés biologiques du sol. Lorsque ces réseaux sont construits uniquement à partir de données de présence ou de co-occurrence, ils reflètent surtout le partage de conditions écologiques ou de niches environnementales par différentes espèces.
Cela ne fournit alors que des informations indirectes sur les activités biologiques à l’œuvre et sur les flux de matière et d’énergie, qui déterminent pourtant aussi le fonctionnement des sols. L’interprétation écologique nécessite des informations complémentaires, notamment sur l’abondance ou la biomasse des organismes. C’est ainsi que l’on peut relier les communautés biologiques aux processus écologiques qui soutiennent les fonctions du sol.
Une approche graduée et complémentaire
Afin de concilier efficacité opérationnelle et pertinence écologique, le suivi de la biodiversité des sols gagne à combiner plusieurs types d’approches, chacune apportant une information spécifique sur l’état et le fonctionnement des communautés biologiques.
Les approches fondées sur l’ADNe permettent une détection large et standardisée de la biodiversité microbienne, et pourraient être étendues à d’autres organismes comme les invertébrés.
D’autres méthodes reposent sur l’observation directe des organismes de la faune du sol, l’estimation de leur abondance ou de leur biomasse, ou encore l’analyse de leurs caractéristiques fonctionnelles. Elles apportent des informations essentielles sur la structure biologique et le rôle écologique des communautés du sol.
Ces approches ne doivent pas être considérées comme mutuellement exclusives, mais comme des outils complémentaires. Elles permettent de relier la composition des communautés biologiques (structure taxonomique et fonctionnelle) aux processus écologiques qui soutiennent les fonctions des sols. Leur combinaison est, à ce titre, particulièrement intéressante pour construire une stratégie de suivi présentant différents niveaux d’information.
Cette logique de complémentarité est déjà mise en œuvre dans certains dispositifs de suivi existants. Par exemple, dans le cadre du réseau français de surveillance des sols (RMQS) ou encore dans l’observatoire de biodiversité de montagne Orchamp. Ces approches n’ont pas vocation à être déployées partout, mais leur combinaison est indispensable pour interpréter correctement l’état et l’évolution de la biodiversité des sols.
Nos recommandations pour une mise en œuvre de la directive à l’échelle nationale
Préserver la capacité à comprendre, expliquer et agir suppose de reconnaître que la complexité biologique des sols appelle une diversité maîtrisée des approches de suivi.
Avec le soutien du GIS Sol, la France figure parmi les nations à la pointe du suivi de la biodiversité des sols. Elle a éprouvé cette approche, combinant plusieurs protocoles au sein du RMQS, depuis plusieurs années. Cette expérience, rare à l’échelle européenne, doit constituer la base sur laquelle construire le futur réseau national de surveillance des sols.
La directive prévoit, au-delà des indicateurs obligatoires, la possibilité pour les États membres de compléter leurs dispositifs par des indicateurs optionnels. Cette flexibilité offre l’opportunité de mettre en place un système de surveillance capable non seulement de détecter des tendances d’évolution de la biodiversité des sols, mais aussi d’en interpréter les causes et les possibilités de remédiation. Cela permet enfin d’évaluer les implications pour les politiques publiques.
Dans cette perspective, plusieurs principes devraient guider la déclinaison nationale de la directive européenne :
Ne pas restreindre la surveillance nationale de la biodiversité des sols à une mesure unique issue de l’ADNe, qui limite notre capacité à interpréter les changements observés.
Mettre en œuvre une combinaison de mesures complémentaires, permettant de relier la détection de la biodiversité à la structure des communautés et aux processus écologiques qui soutiennent les fonctions des sols, avec l’appui des des protocoles et des mesures qui seront développés dans les PEPR Dynabiod et SolsVivants.
Développer des référentiels d’interprétation ouverts et des cadres d’analyse permettant d’évaluer si les variations observées sont significatives, afin de relier les indicateurs biologiques aux usages des sols et aux pressions environnementales.
Tirer parti des dispositifs existants, notamment du RMQS soutenu par le GIS Sol, afin de garantir la cohérence, la comparabilité et la robustesse scientifique du futur système national de surveillance.
Cet article est une production conjointe du RMQS Biodiversité, des PEPR SolsVivants et Dynabiod et du RNEST, représentés par les co-auteurs. Ont également contribué à l’élaboration de ce document : Apolline Auclerc, Nolwenn Bougon, Miriam Buitrago, Philippe Hinsinger, Claudy Jolivet, Antoine Lévêque, Gwenaël Magne, Florence Maunoury-Danger, Jérôme Mathieu, Christian Mougin, Laurent Palka, Benjamin Pauget, Guénola Pérès, Sophie Pouzenc, Sophie Raous, Claire Salomon, Marie-Françoise Slack, Wilfried Thuiller, Cécile Villenave, Quentin Vincent.
Source:
theconversation.com
