Ce que les chercheurs ont trouvé a de quoi alerter : les sols pourraient renforcer l’une des pires menaces pour la santé

Selon une étude récente, l’augmentation de l’aridité pourrait favoriser la prolifération de bactéries résistantes aux antibiotiques. Les chercheurs ont observé que les périodes de sécheresse modifient profondément les communautés microbiennes du sol, en favorisant les micro-organismes capables de résister aux substances antibiotiques produites par leurs voisins.

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Dans une analyse de plusieurs bases de données métagénomiques rassemblant des informations génétiques sur des microbes du sol provenant de nombreux environnements à travers le monde, les scientifiques ont identifié un signal récurrent. Dans les sols étudiés, qu’ils proviennent de terres agricoles, de prairies, de forêts ou de zones humides, les gènes associés à la synthèse d’antibiotiques devenaient plus fréquents après des épisodes de sécheresse. L’effet disparaissait ensuite lorsque les conditions redevenaient humides.

Pour vérifier ce phénomène, l’équipe du Caltech, menée par la biologiste Dianne Newman, a réalisé des expériences en laboratoire. Les chercheurs ont introduit dans du sol stérile un antibiotique appelé phénazine, produit naturellement par certaines bactéries. Ils ont ensuite ajouté des microbes du sol, puis ont laissé sécher une partie des échantillons pendant trois jours, tandis que l’autre restait humide. Résultat : dans les sols desséchés, la concentration d’antibiotiques augmentait avec l’évaporation de l’eau. Cette hausse affaiblissait les bactéries sensibles, alors que les microbes résistants prenaient rapidement le dessus.

Ce mécanisme illustre une pression évolutive classique : quand les antibiotiques produits par certains microbes deviennent plus concentrés, seuls les micro-organismes capables de résister survivent et se multiplient.

Des gènes du sol retrouvés chez des pathogènes humains

Les chercheurs ont ensuite voulu savoir si ces phénomènes observés dans le sol pouvaient avoir des répercussions sur la santé humaine. Les bactéries échangent en effet facilement des fragments d’ADN par un mécanisme appelé transfert horizontal de gènes, ce qui permet à la résistance aux antibiotiques de se propager rapidement entre espèces.

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En comparant les données génétiques de microbes du sol avec celles de bactéries pathogènes isolées chez des patients hospitalisés, les scientifiques ont découvert que certains gènes de résistance étaient identiques dans les deux cas.

Parmi les pathogènes concernés figurent plusieurs bactéries responsables d’infections nosocomiales bien connues, comme Enterococcus faecium, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa ou encore certaines entérobactéries.

Pseudomonas aeruginosa, l’une des bactéries résistantes aux antibiotiques mentionnées dans l’étude. © CDC, Unité de coordination et de stratégie en matière de résistance aux antibiotiques

L’étude révèle également une tendance à l’échelle mondiale : en croisant des données hospitalières sur les agents pathogènes résistants avec des informations climatiques, les chercheurs ont constaté que les régions les plus arides enregistrent davantage de bactéries résistantes aux antibiotiques dans les établissements de santé. Ce lien persistait même après avoir pris en compte le niveau socio-économique des pays, un facteur pouvant influencer les pratiques de dépistage.

Selon Dianne Newman, « aucun endroit n’est véritablement à l’abri ». Dans un monde où les agents pathogènes circulent rapidement, l’apparition de nouvelles résistances dans une région peut se propager ailleurs en peu de temps.

Le changement climatique pourrait amplifier le problème

La résistance aux antibiotiques représente déjà une menace majeure pour la santé publique. D’après l’Organisation mondiale de la santé, les infections causées par des agents pathogènes résistants ont été directement responsables d’environ 1,27 million de décès en 2019 et ont contribué à près de 4,95 millions d’autres.

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Or, le changement climatique pourrait accentuer ce phénomène. L’expansion progressive des zones arides, liée au réchauffement global, pourrait renforcer les pressions évolutives favorisant les microbes résistants. Comme le souligne l’écologue microbien Timothy Ghaly dans un éditorial accompagnant l’étude publiée le 23 mars dans Nature Microbiology, l’assèchement croissant de certaines régions pourrait ainsi accélérer la propagation des bactéries résistantes.

Face à ce risque, les scientifiques évoquent plusieurs pistes d’action. Outre la lutte contre le changement climatique, ils insistent sur l’importance d’améliorer l’accès aux tests de diagnostic rapide afin d’identifier plus vite les infections résistantes. Les médecins pourraient également recourir à des traitements combinant plusieurs antibiotiques pour limiter la survie des souches résistantes.

Enfin, Dianne Newman rappelle l’importance du financement de la recherche fondamentale et de la découverte de nouveaux médicaments. Le développement d’antibiotiques étant jugé peu rentable, de nombreuses entreprises pharmaceutiques se sont éloignées de ce domaine, laissant les laboratoires publics et universitaires en première ligne pour trouver les traitements de demain.